凡是忍者，皆该杀。普通的上班族藤木户健二，他的妻儿在忍者斗争中丧命。当他也面临自身性命存亡的危机时，竟然被谜之忍者灵魂附身了！鬼门关前走一遭的藤木户，从此成为“忍者杀手”。专门追杀忍者，为了復仇而战！以近未来都市新琦玉为舞台，忍者杀手ＶＳ忍者的生死决斗揭开序幕！
